SARS-CoV-2: cik nopietns ir B.1.1.529 variants, tagad ar nosaukumu Omicron

B.1.1.529 variants pirmo reizi tika ziņots PVO no Dienvidāfrikas 24^th 2021. gada novembris. Pirmā zināmā apstiprinātā B.1.1.529 infekcija bija no parauga, kas savākts 9.^th 2021. novembris¹. Vēl viens avots² norāda, ka šis variants pirmo reizi tika konstatēts paraugos, kas savākti 11^th 2021. gada novembrī Botsvānā un 14^th 2021. gada novembrī Dienvidāfrikā. Kopš tā laika COVID-19 gadījumu skaits ir strauji pieaudzis gandrīz visās Dienvidāfrikas provincēs. Tāpat kā 27^th 2021. gada novembrī par jauniem šī varianta gadījumiem ziņots arī Beļģijā, Honkongā, Izraēlā un Apvienotajā Karalistē³, Vācija, Itālija un Čehija, kuru izcelsme ir saistīta ar ceļošanu.  

Paldies Dienvidāfrikas iestādēm, ka tās veltīja laiku, lai sazinātos un apmainītos ar būtisku informāciju ar pasaules zinātnieku aprindām, lai PVO ekspertu grupa varētu tikties 26.^th 2021. gada novembrī un ātri norādiet šo variantu kā problemātisku variantu (GOS). Lietas nopietnību varēja novērtēt no tā, ka tikai pirms divām dienām, 1.1.529.^th 2021. gada novembrī, pirms tas tika atzīts par GOS 26. gadā^th 2021. gada novembris, bet vispirms netika norādīts kā izmeklējamais variants (VOI).  

Tabula: SARS-CoV-2 problēmas (GOS) 26. gada 2021. novembrī 

Steidzamība B.1.1.529 noteikšanā par problemātisku (GOS) variantu bija pamatota, jo tika konstatēts, ka šis variants ir līdz šim visvairāk atšķirīgais SARS-CoV-2 variants. Salīdzinot ar SARS-CoV-2 vīrusu, kas sākotnēji tika atklāts Uhaņā, Ķīnā, tam ir pat 30 aminoskābju izmaiņas, 3 mazas dzēšanas un 1 neliela ievietošana smailes proteīnā. No šīm izmaiņām 15 atrodas receptoru saistošajā domēnā (RBD), kas ir vīrusa daļa, kas ļauj tam iekļūt cilvēka šūnās, izraisot infekciju. Šim variantam ir arī vairākas izmaiņas un svītrojumi citos genoma reģionos². Mutācijas ir tik plašas, ka to varētu saukt par jaunu celmu, nevis variantu. Neticami lielais smailo mutāciju skaits nozīmē palielinātu iespēju izvairīties no zināmām antivielām, kas padara šo variantu par nopietnām bažām.⁵.  

Pāreja uz jauniem variantiem ir raksturīga koronavīrusiem. Koronavīrusu dabā vienmēr ir bijusi ļoti liela genomu mutācija, jo to polimerāzēm trūkst korektūras nukleāzes aktivitātes; jo vairāk transmisijas, jo vairāk replikācijas kļūdu un līdz ar to vairāk mutāciju uzkrājas genomā, radot jaunus variantus. Cilvēka koronavīrusi nesenajā vēsturē ir veidojuši mutācijas, lai radītu jaunus variantus. Kopš 1966. gada, kad tika reģistrēta pirmā epizode, epidēmijas izraisīja vairāki varianti⁶. Bet kāpēc tik plaša mutācija vienā sprādzienā? Var būt, jo B.1.1.529 variants attīstījās hroniskas infekcijas laikā cilvēkam ar novājinātu imūnsistēmu, iespējams, neārstētu HIV/AIDS pacientu.⁷.  

Neatkarīgi no tā, kas varētu būt plašo mutāciju cēlonis, ja straujais tās izplatīšanās ātrums Dienvidāfrikā liecina, šī varianta attīstībai var būt milzīga ietekme uz pašlaik izmantoto vakcīnu imunitāti, pārnēsājamību un virulenci un efektivitāti.  

Neatkarīgi no tā, vai esošās vakcīnas joprojām būs efektīvas pret šo jauno variantu, vai arī būs vairāk vakcinācijas infekciju gadījumu, pašlaik ir maz datu, lai izdarītu secinājumus. Tomēr nesenā pētījumā sintētiskais variants ar 20 mutācijām smailes proteīnā parādīja gandrīz pilnīgu izkļūšanu no antivielām.⁷. Tas norāda, ka jaunajam variantam B.1.1.529 ar daudz vairāk palielinātām mutācijām var būt ievērojami samazināta antivielu neitralizācija. Tomēr šķiet, ka jaunais variants ir pārnēsājamāks, ņemot vērā straujo ātrumu, ar kādu tas Dienvidāfrikā ir aizstājis Delta variantu, lai gan pašreizējie dati nav pietiekami adekvāti, lai veiktu ticamu aprēķinu. Tāpat šajā posmā nav iespējams komentēt simptomu smagumu.  

Ņemot vērā to, ka Eiropā jau šobrīd ir neparasti liels COVID 19 gadījumu skaits (ļoti transmisīvā delta varianta dēļ) pēdējo nedēļu laikā un straujo saslimšanas gadījumu skaitu. Omicron (B.1.1.529) variants Dienvidāfrikā ir izplatījies nesen, aizstājot delta variantu, vairākas valstis Eiropā, tostarp Apvienotā Karaliste, Vācija un Itālija, ir noteikušas ceļošanas ierobežojumus ieceļotājiem no Dienvidāfrikas un kaimiņvalstīm, piemēram, Botsvānas, Malāvijas, Mozambikas, Zambijas un Angola. Baidoties no ļaunākā, Izraēla aizliedz ieceļot viesiem no visām valstīm.  

Pasaule ir tik daudz ieguldījusi COVID-19 vakcīnu izstrādē un ievadīšanā, lai pasargātu cilvēkus no pandēmijas. Zinātnieku un varas iestāžu galvenais jautājums ir par to, vai galvenās Covid-19 vakcīnas, piemēram, Pfizer–BioNTech, Oxford–AstraZeneca, Moderna, Johnson & Johnson, arī turpmāk būs efektīvas pret Omicron (B.1.1.529) variantu. . To veicina fakts, ka Dienvidāfrikā ir ziņots par izrāvienu infekciju. Arī abi Honkongas gadījumi bija saņēmuši vakcīnas devas⁹. 

Pankoronavīrusa vakcīnu izstrāde¹⁰ (daudzvērtīgās vakcīnu platformas¹¹), šķiet, ir vajadzīgais laiks. Taču ātrāk var būt iespējams ātri ražot mRNS un DNS vakcīnu revakcinācijas devas, kas aptver mutācijas. Turklāt nesen apstiprinātais pretvīrusu līdzekļi (Merck Molnupiravir un Pfizer Paxlovid) vajadzētu noderēt, lai pasargātu cilvēkus no hospitalizācijas un nāves.   

 *** 

Norādes:  

1. PVO 2021. Ziņas — Omicron klasifikācija (B.1.1.529): SARS-CoV-2 bažas. Publicēts 26. gada 2021. novembrī. Pieejams tiešsaistē vietnē https://www.who.int/news/item/26-11-2021-classification-of-omicron-(b.1.1.529)-sars-cov-2-variant-of-concern  

2. Eiropas Slimību profilakses un kontroles centrs. SARSCoV-2 rašanās un izplatīšanās sekas B.1.1. 529 variants, kas rada bažas (Omicron), ES/EEZ. 26. gada 2021. novembris. ECDC: Stokholma; 2021. Pieejams tiešsaistē plkst https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/threat-assessment-brief-emergence-sars-cov-2-variant-b.1.1.529  

3. UK Govt 2021. Press release – First UK cases of Omicron variant identified. Published 27 November 2021. Available at https://www.gov.uk/government/news/first-uk-cases-of-omicron-variant-identified   

4. PVO, 2021. SARS-CoV-2 variantu izsekošana. Pieejams tiešsaistē plkst https://www.who.int/en/activities/tracking-SARS-CoV-2-variants/ 

5. GitHub, 2021. Thomas Peacock: B.1.1 pēcnācējs, kas saistīts ar Dienvidāfriku ar lielu Spike mutāciju skaitu #343. Pieejams tiešsaistē plkst https://github.com/cov-lineages/pango-designation/issues/343 

6. Prasad U.2021. Koronavīrusa varianti: tas, ko mēs zinām līdz šim. Zinātniskais eiropietis. Publicēts 12. gada 2021. jūlijā. Pieejams tiešsaistē vietnē http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/variants-of-coronavirus-what-we-know-so-far/ 

7. GAVI 2021. Vakcīnas darbs — ko mēs zinām par jauno B.1.1.529 koronavīrusa variantu un vai mums būtu jāuztraucas? Pieejams plkst https://www.gavi.org/vaccineswork/what-we-know-about-new-b11529-coronavirus-variant-so-far 

8. Schmidt, F., Weisblum, Y., Rutkowska, M. et al. Augsta ģenētiskā barjera SARS-CoV-2 poliklonālo neitralizējošu antivielu izkļūšanai. Daba (2021). https://doi.org/10.1038/s41586-021-04005-0 

9. Spēcīgi mutēts koronavīrusa variants liek zinātniekiem būt modriem. Daba Nak! Atjaunināts 27. gada 2021. novembrī. DOI: https://doi.org/10.1038/d41586-021-03552-w  

10. Soni R. 2021. “Pan-coronavirus” vakcīnas: RNS polimerāze parādās kā vakcīnas mērķis. Zinātniskais eiropietis. Publicēts 16. gada 2021. novembrī. Pieejams plkst http://scientificeuropean.co.uk/covid-19/pan-coronavirus-vaccines-rna-polymerase-emerges-as-a-vaccine-target/  

11. NIH 2021. Ziņu relīze — NIAID izdod jaunas balvas, lai finansētu “pankoronavīrusa” vakcīnas. Publicēts 28. gada 2021. septembrī. Pieejams plkst https://www.nih.gov/news-events/news-releases/niaid-issues-new-awards-fund-pan-coronavirus-vaccines  

***