Tiek pārskatīti un novērtēti pašlaik praksē praktiskie laboratoriskie testi COVID-19 diagnosticēšanai, kā to ieteikušas starptautiskās ekspertu organizācijas.
COVID-19 slimība, kura izcelsme ir Uhaņā Ķīnā, līdz šim ir skārusi vairāk nekā 208 valstis. Zinātnieku aprindām visā pasaulē pēdējos mēnešos ir izvirzīts nozīmīgs izaicinājums attīstīties diagnostikas testi forums Covid-19 slimību noteikšana, lai pārbaudītu pacientus un aizdomās turētās personas, lai efektīvi pārvaldītu un kontrolētu pandēmiju.
Pirms mēs izvērtējam pašreizējās metodes un praksi, ko izmanto COVID-19 noteikšanai, vispirms sapratīsim, kas izraisa Covid-19 un kā tiek izstrādāti diagnostikas testi, lai pārbaudītu pacientus attiecībā uz šo slimību. COVID-19 slimību izraisa pozitīvi virkne RNS vīruss kas ir zoonotiski, kas nozīmē, ka tie var šķērsot sugu barjeras no dzīvniekiem uz cilvēkiem un var izraisīt cilvēku slimības, sākot no saaukstēšanās līdz smagākām slimībām, piemēram, MERS un SARS. Tagad Starptautiskā vīrusu taksonomijas komiteja (ICTV) vīrusu, kas izraisa COVID-19, ir nosaukusi SARS-CoV-2, jo tas ir ļoti līdzīgs tam, kas izraisīja SARS uzliesmojumu (SARS-CoV). Covid-19 slimības diagnostikas testu var izstrādāt vairākos veidos.
Vispopulārākā un pašlaik pieņemtā metode visā pasaulē ir izstrādāt diagnostikas testu, kas spēj noteikt pašu SARS-CoV-2 vīrusu. Šis pārbaude ir balstīta uz vīrusa genoma noteikšanu pacienta paraugā ar RT reālā laika PCR (reversās transkriptāzes reālā laika polimerāzes ķēdes reakcija). Tas ietver vīrusa RNS pārvēršanu par DNS, izmantojot enzīmu, ko sauc par reverso transkriptāzi, un pēc tam DNS pastiprināšanu, izmantojot īpašu praimeru komplektu un fluorescējošu zondi, kas saistās ar noteiktu vīrusu DNS reģionu, izmantojot Taq polimerāzi un nosakot fluorescējošu signālu. Šos testus sauc par NAAT (nukleīnskābes amplifikācijas testiem). Šis paņēmiens var būt ļoti noderīgs ļoti agrīnai nukleīnskābes klātbūtnes noteikšanai pacienta paraugā pat asimptomātiskiem pacientiem, kuriem nav Covid-19 slimības simptomu (īpaši 14-28 dienu inkubācijas periodā) un vēlākā daļā. kā arī tad, ja slimība ir pilnībā izplatījusies.
Dažādi uzņēmumi visā pasaulē pēdējos mēnešos ir strādājuši sacensībā ar laiku, lai izstrādātu uz NAAT balstītu diagnostikas testu SARS-CoV-2 noteikšanai, pamatojoties uz CDC (Slimību kontroles centrs), Atlanta, ASV un PVO vadlīnijām ( 1, 2). Veselības iestādes visā pasaulē ir apstiprinājušas šos testus ārkārtas lietošanai SARS-CoV-2 noteikšanai. Līdz šim mērķētie vīrusu gēni ietver N, E, S un RdRP gēnus, kā arī atbilstošās pozitīvas un negatīvas kontroles. Šādai pārbaudei ņemamie pacientu paraugi ir no augšējiem elpceļiem (nazofarneksa un orofaringeāla uztriepe) un/vai apakšējo elpceļu (krēpu un/vai endotraheālā aspirāta vai bronhoalveolārā skalošana). Tomēr vīrusu ir iespējams noteikt arī citos paraugos, tostarp izkārnījumos un asinīs. Paraugi ir ātri un atbilstošā veidā jāsavāc, veicot visus nepieciešamos piesardzības pasākumus un ievērojot bioloģiskās drošības praksi (saskaņā ar PVO noteiktajām vadlīnijām[1]), no pacientiem, kas atbilst Covid-19 aizdomīgā gadījuma definīcijai, tos konservējot un iesaiņojot. labi, ja tas ir ātri jātransportē uz diagnostikas centru un pēc tam jāapstrādā (RNS ekstrakcija bioloģiskās drošības skapī BSL-2 vai līdzvērtīgā iekārtā), lai nodrošinātu parauga integritāti. Tas viss ir jāveic prioritāri, lai nodrošinātu labāku klīnisko pārvaldību un uzliesmojumu kontroli.
Dažādu pieejamo NAAT testu noteikšanas laiks, ko izstrādājuši lielākie diagnostikas uzņēmumi visā pasaulē, svārstās no 45 minūtēm līdz 3.5 stundām. Šajos testos tiek veikti dažādi uzlabojumi, lai pārvērstu tos par aprūpes punkta testiem un sasniegtu vēlamos rezultātus pēc iespējas īsākā laikā, nemazinot rezultātu precizitāti, lai palielinātu dienā veicamo testu skaitu.
Citas diagnostikas pārbaudes iespējas ir ātrās diagnostikas testi (RDT) kas atklāj vīrusu antigēnus/olbaltumvielas, kas tiek ekspresētas uz SARS-CoV-2 vīrusa daļiņu virsmas, kad tās replikējas saimniekšūnās un izraisa slimības vai saimniekorganisma antivielas, reaģējot uz infekciju; šis tests nosaka antivielu klātbūtni to cilvēku asinīs, kuri, domājams, ir inficēti ar COVID-19 (3).
RDT precizitāte un reproducējamība vīrusu antigēnu noteikšanai ir atkarīga no vairākiem faktoriem, tostarp laika no slimības sākuma, vīrusa koncentrācijas paraugā, parauga kvalitātes un apstrādes, kā arī testa komplektos esošo reaģentu sastāva. Šo mainīgo lielumu dēļ šo testu jutīgums var svārstīties no 34% līdz 80%. Šīs iespējas būtisks trūkums ir tas, ka vīrusam ir jābūt replikācijas un infekcijas stadijā, lai noteiktu vīrusa proteīnus.
Līdzīgi testi, kas nosaka saimnieka antivielas, ir balstīti uz antivielu reakcijas stiprumu, kas ir atkarīgs no tādiem faktoriem kā vecums, uztura stāvoklis, slimības smaguma pakāpe un noteiktas zāles vai infekcijas, kas nomāc imūnsistēmu. Šīs iespējas būtisks trūkums ir tas, ka antivielas tiek ražotas dienu vai nedēļu laikā pēc inficēšanās ar SARS-CoV-2 vīrusu, un tik ilgi jāgaida, lai veiktu testu. Tas nozīmē, ka COVID-19 infekcijas diagnoze, pamatojoties uz saimniekorganisma antivielu reakciju, bieži vien būs iespējama tikai atveseļošanās fāzē, kad daudzas no klīniskās iejaukšanās vai slimības pārnešanas novēršanas iespējām jau būs pagājušas.
Pašlaik iepriekš minētie RDT ir apstiprināti tikai pētniecības vidē, nevis klīniskai diagnozei datu trūkuma dēļ (3, 4). Tā kā kļūst arvien vairāk epidemioloģisko datu par Covid-19, vairāk RDT tiks izstrādāti un apstiprināti kā aprūpes punkta testi klīniskā vidē, jo tie var dot rezultātus 10–30 minūtēs, atšķirībā no NAAT testiem, kas vidēji aizņem. dažas stundas slimības noteikšanai.
***
Norādes:
1. PVO, 2020. gada laboratorijas testēšanas stratēģijas ieteikumi saistībā ar Covid-19. Pagaidu norādījumi. 21. gada 2020. marts. Pieejams tiešsaistē plkst https://apps.who.int/iris/bitstream/handle/10665/331509/WHO-COVID-19-lab_testing-2020.1-eng.pdf Skatīts 09
2. CDC 2020. Informācija laboratorijām. Pagaidu vadlīnijas laboratorijām pieejamas tiešsaistē vietnē https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-nCoV/lab/index.html Skatīts 09. gada 2020. aprīlī.
3. PVO, 2020. Padomi par Point of Care testu izmantošanu. Zinātniskais īss apraksts. 08. gada 2020. aprīlī. Pieejams tiešsaistē vietnē https://www.who.int/news-room/commentaries/detail/advice-on-the-use-of-point-of-care-immunodiagnostic-tests-for-covid-19 Skatīts 09. gada 2020. aprīlī.
4. ECDC, 2020. Pārskats par Covid-19 diagnostikas ātrās pārbaudes situāciju ES/EEZ. 01. gada 2020. aprīlis. Eiropas Slimību profilakses un kontroles centrs. Pieejams tiešsaistē plkst https://www.ecdc.europa.eu/en/publications-data/overview-rapid-test-situation-covid-19-diagnosis-eueea Skatīts 09
***
